Tra i principali ecosistemi marini eritrei vi sono la barriera corallina, le praterie di erbe marine e le foreste di mangrovie. Nel Mar Rosso esistono almeno 350 specie di coralli.
In Eritrea le colonie di coralli crescono prevalentemente in gruppi isolati che dalla superficie si estendono fino a 15-18 m di profondità; oltre questa profondità il corallo fa registrare uno sviluppo molto più limitato.
Situata ai margini settentrionali dell'area di diffusione delle mangrovie, l'Eritrea ne ospita almeno tre specie, distribuite lungo la costa e sulle Isole Dahlak. Sono state segnalate cinque specie di tartarughe marine; le più comuni sono la tartaruga verde e quella embricata.
La tartaruga verde viene avvistata spesso nei pressi delle Isole Dahlak, così come i delfini e gli squali e le mante.
Sembra che lungo le coste del Mar Rosso, in Eritrea e Sudan, vivano almeno 4000-5000 esemplari di dugongo (conosciuto anche come mucca di mare).
Nelle Isole Dahlak è vietato raccogliere coralli, conchiglie e qualsiasi specie vegetale sulle spiagge e in mare.