Flora
Il paesaggio orientale è caratterizzato da boscaglie di acacia di diverse specie, arbusti e dense macchie, vegetazione semi-desertica, vegetazione fluviale e mangrovie. Nella regione degli altopiani prevalgono il ginepro (Juniperus procera) e l'olivo selvatico (Olea africana), oltre a varie specie di acacia. Nelle zone degradate sono state introdotte numerose piantagioni di eucalipto.
Il paesaggio occidentale è composto principalmente da savane alberate, zone arbustive, boschi e praterie con piante erbacee (come l'Aristida). Da questa zona proviene circa il 50% della legna da ardere che copre il fabbisogno della popolazione di Asmara, causa del preoccupante disboscamento. Tra le specie presenti figurano la palma dum, l'eucalipto e diverse specie di acacia. Altre specie sono il baobab, la Salvadora persica e la tamerice (Tamarix aphylla).
Fra le specie in pericolo vi sono l'albero dell'incenso (Boswellia papyrifera) il baobab e il tamarindo (Tamarindus indica).
Fauna
Un tempo l'Eritrea ospitava una grande varietà di animali, tra cui bufali, ghepardi, elefanti, giraffe e leoni. La distruzione delle foreste e trent'anni di guerra civile, tuttavia, hanno causato la scomparsa di molti di essi.
Alla sorprendente varietà geografica dell'Eritrea corrisponde un'avifauna altrettanto ricca. Sono state segnalate ben 560 specie di uccelli, compresa la rondine serrata blu, un uccello molto raro.
Le lontane e disabitate Isole Dahlak e il mare che le circonda attirano numerosi uccelli marini provenienti da tutto il Mar Rosso e, talvolta, anche dal Mediterraneo e dal Golfo Persico. Sulle isole sono state contate circa 109 specie diverse, tra cui l'otarda araba e il falco pescatore. L'Eritrea si trova lungo una delle rotte più battute dagli uccelli migratori. Vi si possono dunque avvistare centinaia di specie di uccelli marini e costieri di passo primaverile e autunnale in volo tra il continente africano e l'Arabia. Nella Penisola di Bure, nell'area delle Dhalak, sono comuni lo struzzo e l'otarda araba. Tra gli uccelli marini segnaliamo gabbiani, sterne e sule, mentre lungo il litorale e sulle isole si avvistano molte specie di trampolieri. Le lussureggianti foreste tropicali nella zona di Semenawi Bahri, a nord-est di Asmara, ospitano un'avifauna particolarmente ricca, con specie quali il turaco guance bianche (una specie quasi endemica) e il trogone marina.
Tra i mammiferi più comuni oggi si incontrano la lepre abissina, il gatto selvatico africano, lo sciacallo dalla gualdrappa, lo sciacallo dorato, le genette, gli scoiattoli terrestri, la volpe pallida, la gazzella di Soemmering e il facocero.
I primati comprendono il cercopiteco verde e l'amadriade. Pare che sulle montagne della provincia di Gash-Barka, a nord di Barentu, siano stati avvistati leoni, kudu maggiori e alcelafi di Tora (grandi antilopi africane). Nella Penisola di Bure si possono osservare dik dik e gazzelle Dorcas.
Nelle zone fra Omhajer e Antore, nel sud-ovest del paese, vive l'ultima colonia di elefanti dell'Eritrea.